Laboratorium Epitranskryptomiki

29 09 2022

O Grupie

Laboratorium Epitranskryptomiki skupia się na badaniu wpływu chemicznie modyfikowanych nukleotydów na procesy komórkowe zależne od RNA. W obszarze zainteresowań grupy znajdują się modyfikacje kwasów rybonukleinowych zarówno komórek eukariotycznych jak i wirusów. Wirusy wykorzystują chemiczne modyfikacje nukleotydów, aby „ukryć” swój materiał genetyczny przed receptorami ze szlaków odpowiedzi immunologicznej komórek gospodarza. Nasz zespół, wykorzystując metody biochemiczne, biologii molekularnej i komórkowej, próbuje zrozumieć, w jaki sposób modyfikacje chemiczne wirusowego RNA wpływają na potencjał immunogenny i stabilność tego RNA w zainfekowanych komórkach. Ponadto, badamy, jak modyfikacje epitranskryptomiczne występujące w eukariotycznym mRNA zmieniają jego właściwości biologiczne. Interesuje nas, jak na biosyntezę białek czy stabilność samego transkryptu wpływają modyfikacje przede wszystkim końca 5΄ mRNA.

Działalność badawcza

Realizowane projekty

• Zrozumienie jak wirusowy epitranskryptom kształtuje odpowiedź immunologiczną gospodarza
  Finansowanie: Narodowe Centrum Nauki, Sonata Bis (2022-2026), kierownik: Paweł Sikorski
• Nowe wszechstronne narzędzie do znakowania RNA
  Finansowanie: IDUB Nowe Idee (2023-2024), kierownik: Paweł Sikorski
• FLU-SWITCH Identification of factors driving the emergence and spread of avian influenza viruses with zoonotic potential
  Projekt koordynowany przez dr. Romaina Volmera, INRAE; polski partner: Paweł Sikorski.
  ERA-NET ICRAD (International Coordination of Research on Infectious Animal Diseases) (2023-2026)

Publikacje

• Tomecki R., Drazkowska K., Kobylecki K., Tudek A. 2023. SKI complex: A multifaceted cytoplasmic RNA exosome cofactor in mRNA metabolism with links to disease, developmental processes, and antiviral responses. Wiley Interdisciplinary Reviews RNA. e1795
• Drazkowska K., Tomecki R., Warminski M., Baran N., Cysewski D., Depaix A., Kasprzyk R., Kowalska J., Jemielity J., Sikorski P.J. 2022. 2′-O-Methylation of the second transcribed nucleotide within the mRNA 5′ cap impacts the protein production level in a cell-specific manner and contributes to RNA immune evasion. Nucleic Acids Research. 50: 9051–9071

Oferta

Projektowanie i synteza (m)RNA oczyszczanego z zastosowaniem HPLC do wykorzystania w badaniach in vitro oraz in vivo, włącznie z transkryptami znakowanymi np. fluorescencyjnie czy biotynylowanymi.

Kierownik zespołu

Dr hab. Paweł Sikorski pracę doktorską obronił na Wydziale Biologii UW (promotor – prof. Joanna Kufel). Następnie odbył staż podoktorski w grupie prof. Jacka Jemielitego w Centrum Nowych Technologii UW. W trakcie swojej pracy naukowej odbył staż zagraniczny w laboratorium dr Dominique Gagliardiego (Institut de Biologie Moléculaire des Plantes du CNRS, Strasburg, Francja). Ponadto, jest autorem ponad 20 publikacji naukowych w czasopismach takich jak Nucleic Acids Research, Journal of the American Chemical Society czy Angewandte Chemie. Obecnie zajmuje się badaniami mającymi na celu zrozumienie wpływu znaczników epitranskryptomicznych na komórkowe procesy zależne od RNA.