01 09 2022

O Grupie

Grupa jako jedyna w Polsce zajmuje się metodologią spektroskopii NMR w fazie ciekłej. Głównym tematem jej działalności badawczej są poszukiwania nowych i efektywnych metod nowoczesnej spektroskopii NMR, oraz ich zastosowanie w badaniach strukturalnych w chemii i biochemii. Do najważniejszych należą metody pozwalające na uniknięcie ograniczeń związanych z próbkowaniem i przetwarzaniem sygnałów, co jest jednym z najistotniejszych wyzwań współczesnej spektroskopii NMR.

Działalność badawcza

Prace grupy w dziedzinie nowych metod pomiaru wielowymiarowych widm NMR skupiają się na: rejestracji widm o wysokiej wymiarowości, nowych metodach przypisywania sygnałów odpowiednim atomom w cząsteczkach biopolimerów, efektywnym wyznaczaniu więzów strukturalnych, zastosowaniu nowych metod w badaniach białek całkowicie lub częściowo nieustrukturyzowanych, opracowywaniu metody usuwania z widm artefaktów co pozwala na pełną analizę widm o dużej zmienności amplitud sygnałów, zastosowaniem metody „Compressed Sensing” do przetwarzania widm NMR.

W zakresie zainteresowań znajduje się także rozwój metod pomiaru współczynników dyfuzji oraz nowych technik spektroskopii NMR umożliwiających precyzyjne i dokładne pomiary skalarnych i resztkowych dipolowych sprzężeń spinowo-spinowych z widm 3-4D.

Link do strony grupy:https://nmr.cent3.uw.edu.pl

Aparatura badawcza wykorzystywana przez grupę

Spektrometr NMR 600 MHz DDR2 firmy Agilent

Sonda „one-NMR”, dwa kanały 1H/19F oraz szerokopasmowy 15N-31P (+kanał 2H), gradienty z;

Sonda HCN, trzy kanały 1H/13C/15N (+kanał 2H), gradienty xyz;

Sonda „Penta”, cztery kanały 1H/13C/15N/31P (+kanał 2H), gradienty z;

Automat zmieniający próbki na 12 pozycji.

Spektrometr NMR 800 MHz DDR2 firmy Bruker (magnes Agilent)

Dwa równoległe kanały odbiornika;

Sonda HCN, trzy kanały 1H/13C/15N (+kanał 2H), gradienty z;

Sonda kriogeniczna, trzy kanały 1H/13C/15N (+kanał 2H), gradienty z , wbudowane przedwzmacniacze 1H i 13C;

Sonda dla próbek proszkowych, trzy kanały, średnica rotora 3.2 mm, wirowanie pod katem magicznym do 25 kHz, cewka zapewniająca minimum strat dielektrycznych.

Sonda dla próbek proszkowych, cztery kanały, średnica rotora 0.81 mm, wirowanie pod katem magicznym do 100 kHz,

Usługi badawcze

Zastosowanie 600 MHz : spektroskopia NMR białek i kwasów nukleinowych w roztworach, próbki organiczne o wysokiej złożoności

• rutynowe pomiary jedno i dwuwymiarowe COSY, TOCSY, NOESY, ROESY, HSQC, HMBC i inne dla małych i średnich cząsteczek organicznych
• pomiary współczynników dyfuzji i dyfuzyjno –rozdzielcze DOSY
• eksperymenty z wykorzystaniem oszczędnego próbkowania losowego w widmach 2D, dla uzyskania maksymalnej możliwej rozdzielczości w dziedzinie częstości
• rutynowe techniki pomiarowe 3D służące przypisaniom pików rezonansowych w białkach: np.: HNCO, HNCA HN(CO)CA, HNCACB. CBCA(CO)NH i inne
• rutynowe techniki 3D heterojadrowo-rozdzielcze efektu NOE
• rutynowe techniki 2D i 3D dla kwasów nukleinowych
• eksperymenty wykorzystujące oszczędne próbkowanie losowe w widmach 3-5D, służących przypisaniom pików oraz pomiarom więzów strukturalnych białek i kwasów nukleinowych
• badania białek częściowo lub całkowicie nieustrukturyzowanych
• inne eksperymenty dobrane do konkretnych problemów

Zastosowanie 800 MHz : spektroskopia NMR białek i kwasów nukleinowych w roztworach i fazie stałej

Zakres jak dla spektrometru 600 MHz  a także:

• przypadków gdzie wymagana jest wysoka czułość – zastosowanie sondy kriogenicznej, w tym dla próbek o wysokim stężeniu soli
• efektu TROSY
• detekcji równoległej (np. 1H i 13C)
• detekcji 13C w białek częściowo lub całkowicie nieustrukturyzowanych i/lub paramagnetycznych
• badań białek w fazie stałej.

Oferta

• Widma NMR w cieczach, przypisanie sygnałów, badania strukturalne, identyfikacja
• Metabolomika płynów ustrojowych, np. surowica krwi, mocz
• Identyfikacja metabolitów w żywności, np. miody, oleje itp.
• Badania oddziaływań białko-ligand, np. badania przesiewowe potencjalnych leków
• Badania strukturalne białek
• Usługi badawcze/ analizy/ekspertyzy, opinie etc.

Jeśli grupa wykonuje lub ma możliwość wykonywania takich świadczeń prosimy o podanie zakresu, opisu (oraz ewentualnie cennika – jeśli jest taka możliwość);

O KIEROWNIKU

prof. dr hab. Wiktor Koźmiński

Kariera naukowa:

1982-87 – studia na Wydziale Chemii Uniwersytetu Warszawskiego
1987-94 – studia doktoranckie w ICHO PAN
1993 – doktorat
1994-96 -staż podoktorski, Uniwersytet w Zurychu,grupa prof. W. von Philipsborna (30 miesięcy)
1996 – zatrudnienie na Wydziale Chemii Uniwersytetu Warszawskiego.
2001 – habilitacja
2010 – tytuł profesora
2016 – stanowisko profesora zwyczajnego
140 – publikacji naukowych (w tym 10 przeglądowych), index h 31

Działalność naukowa i dydaktyczna:

• za działalność naukową, wielokrotnie wyróżniany nagrodami Prezesa Rady Ministrów, PTChem, JM Rektora UW oraz Dziekana Wydziału chemii UW,
• kierownik i wykonawca wielu projektów badawczych krajowych i międzynarodowych,
• promotor 7 zakończonych rozpraw doktorskich, opiekun wielu dyplomowych.
• 3.5-roczny staż naukowy w Uniwersytecie W Zurychu, Szwajcaria.

---

 

 

Hyperphosphorylation of Human Osteopontin and Its Impact on Structural Dynamics and Molecular Recognition

Borja Mateos, Julian Holzinger, Clara Conrad-Billroth, Gerald Platzer, Szymon Żerko, Marco Sealey-Cardona, Dorothea Anrather, Wiktor Koźmiński, Robert Konrat