MODELOWANIE BIOMAKROMOLEKUŁ

01 09 2022

O Grupie

Grupa zajmuje się rozwijaniem nowatorskich metod badania struktury i dynamiki biomakromolekuł. Stosujemy zarówno metody modelowania molekularnego jak i podejścia bioinformatyczne. Główne zadania badawcze dotyczą tworzenia wieloskalowego protokołu do modelowania białek i ich kompleksów. Na protokół taki składają się dwa – trzy modele zdefiniowane na różnych poziomach rozdzielczości, połączonych w spójną całość. W naszych pracach rozwijamy zarówno modele gruboziarniste, w których grupa atomów (np reszta aminokwasowa) zastąpiona jest jednym centrum oddziaływań (np. model SURPASS) jak i dokładne modele pełnoatomowe. Wśród tych ostatnich znajdują się opracowywane przez nas algorytmy wykorzystujące do obliczeń karty graficzne (GPU). Rozwój metod modelowania to przede wszystkim wyprowadzanie nowych potencjałów średniej siły (statystycznych), a także opracowywanie nowych algorytmów prowadzenia symulacji. Opracowujemy również nowe metody bioinformatyczne, przede wszystkim przewlekanie trójwymiarowe białek, służące do jak najdokładniejszego uliniowienia sekwencji białka ze strukturą. Rozwijamy oprogramowanie służące do analizy sekwencji oraz struktur białek i kwasów nukleinowych. Wykorzystujemy też metody modelowania w oparciu o szablon (modelowanie porównawcze). Opracowane metody teoretyczne implementujemy w pakietach oprogramowania: BioShell oraz Rosetta, które są nieodpłatnie udostępnione szerokiej społeczności akademickiej.

Oferta

• Modelowanie porównawcze struktur białek;
• Racjonalne projektowanie nowych struktur białek
• Mutacje in-silico, zwiększanie stabilności białek, zmiana aktywności enzymatycznej;
• Analiza sekwencji i struktur biomakromolekuł;
• Dokowanie loigandów (leków, substratów, itp.) do receptorów białkowych;
• Rozwój oprogramowania do modelowania biomakromolekuł.

O KIEROWNIKU

Dr hab. Dominik Gront, prof. ucz.

jest współautorem ponad 40 prac cytowanych sumarycznie 560 razy (H factor 14). Odbył staże podoktorskie na University of Virginia, Charlottesville oraz University of Washington, Seattle. Jest jednym z Principal Investigator w Rosetta Commons – organizacji rozwijającej oprogramowanie Rosetta do modelowania oraz projektowania białek. W roku 2016 Dominik Gront otrzymał stopień doktora habilitowanego.

Nagrody i wyróżnienia:

2008/11 – stypendium Marie Skłodowskiej – Curie
2012 – stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla Wybitnych Młodych Naukowców
2017 – nagroda indywidualna II stopnia Rektora Uniwersytetu Warszawskiego za osiągnięcia dydaktyczne