Laboratorium Mikrobiologii Molekularnej

O Grupie

Zespół prowadzi badania z pogranicza mikrobiologii i biologii molekularnej, których głównym celem jest opracowanie nowych strategii zapobiegania i zwalczania infekcji bakteryjnych.

Działalność badawcza

Nasze badania skupiają się na wyjaśnieniu mechanizmów wirulencji, oporności na antybiotyki oraz adaptacji do szeroko pojętych warunków stresowych bakterii Gram-dodatnich z wykorzystaniem modelowej bakterii  Listeria monocytogenes. Bakteria ta jest interesująca nie tylko z uwagi na swoje właściwości chorobotwórcze, ale również ze względu na możliwość zastosowania jej jako wektora dostarczającego związki efektorowe do wnętrza komórek eukariotycznych. W naszych bieżących projektach skupiamy się na analizie funkcjonalnej oraz wyjaśnieniu mechanizmów regulacji ekspresji genów zaangażowanych w wirulencję i antybiotykooporność. W tym kontekście interesuje nas zwłaszcza odkrycie biologicznej funkcji i mechanizmu działania małych RNA oraz identyfikacja nowych celów w komórkach bakteryjnych dla działania chemioterapeutyków. W badaniach wykorzystujemy techniki biologii molekularnej (izolacja RNA, DNA i białek, PCR, qRT-PCR, analizy typu Northern i Western Blot, co-immunoprecypitacja, transkrypcja in vitro, nadprodukcja i oczyszczanie białek, klonowanie DNA, konstrukcja mutantów delecyjnych i punktowych i. in.), biochemii (badanie aktywności enzymatycznej) oraz mikrobiologii (oznaczanie wrażliwości bakterii na antybiotyki i inne substancje o działaniu antybakteryjnym).

Osobnym nurtem badawczym, w który jesteśmy zaangażowani, są badania wrażliwości bakterii na antybiotyki oraz biocydy stosowane jako konserwanty w kosmetykach oraz produktach chemii gospodarczej i budowlanej. We współpracy prowadzimy badania sterylności oraz testujemy skuteczność zabezpieczeń produktów przed rozwojem mikroorganizmów.

Oferta

• izolacja kwasów nukleinowych z nadesłanego materiału mikrobiologicznego;
• określanie gatunku bakterii na podstawie analizy sekwencji 16s rDNA nadesłanego materiału mikrobiologicznego lub po izolacji bakterii z nadesłanego materiału
• określanie wrażliwości bakterii na antybiotyki i inne substancje czynne na podstawie wyznaczania wartości MIC metodą podwójnych rozcieńczeń
• amplifikacja, klonowanie, mutageneza delecyjna i punktowa genów bakteryjnych 
• analizy poziomu transkrypcji genów bakteryjnych metodą qRT-PCR i/lub Northern blot na matrycy nadesłanego RNA lub po izolacji RNA z nadesłanego materiału
  mikrobiologicznego
• Określanie stabilności transkryptów bakteryjnych metodą Northern blot
• Wyznaczanie struktury drugorzędowej transkryptów bakteryjnych metodą rozdziału radioaktywnie znakowanego transkryptu poddanego działaniu zestawu RNAz
• Projektowanie oraz konsultowanie konstruktów genetycznych o różnym stopniu złożoności’

O KIEROWNIKU

dr hab. Agata Krawczyk-Balska

Pracownik Zakładu Mikrobiologii Stosowanej Wydziału Biologii UW; członek międzynarodowych akcji COST: TD0803 – „Detecting evolutionary hot spots of antibiotic resistances in Europe (DARE), 2010 – 2014 oraz ES1403 – „New and emerging challenges and opportunities in wastewater reuse” (NEREUS), 2014-2018

Nagrody i staże:

• Nagroda Naukowa Polskiego Towarzystwa Mikrobiologów przyznawana młodym mikrobiologom (lata 2006 i 2014)
• Nagroda J.M. Rektora Uniwersytetu Warszawskiego za osiągnięcia naukowe (lata 2005, 2013, 2014, 2017)
• EMBO (European Molecular Biology Organization) Short Term Fellowship for Young Scientists, Dania, Odense, 2013