Laboratorium Badań Strukturalnych i Biochemicznych (LBSBio)

O Grupie

Laboratorium Badań Strukturalnych i  Biochemicznych (LBSBio) jest  konsorcjum niezależnych naukowo grup kierowanych przez liderów wymienionych w punkcie „członkowie grupy” oraz usługowego laboratorium pomiarowego. LBSBio  tworzy ramy dla indywidualnych działalności naukowej i usługowej zarówno poszczególnych grup wymienionych niżej jak i działalności wspólnej tych grup. Podstawową zasadą funkcjonowania LBSBio  jest wspólne wykorzystywanie aparatury badawczej oraz współudział w ponoszeniu kosztów utrzymania zgromadzonej infrastruktury oraz pomieszczeń, a także wspólne rozwijanie stworzonej infrastruktury naukowej.  LBSBio  kieruje prof. dr hab. Krzysztof Woźniak, który był pomysłodawcą i inicjatorem powstania tego laboratorium i kierował procesem jego tworzenia.

W skład LBSBio  wchodzą następujące grupy kierowane przez osoby, które przyłączyły się do inicjatywy prof. dr hab. Krzysztofa Woźniaka i pomagały pomyślnie ją zrealizować wnosząc własne pomysły i inicjatywę:

1. Grupa Modelowania Gęstości Elektronowej (ang.: Electron Density Modeling) kierowana przez dr hab. Paulinę M. Dominiak, prof. UW
2. Grupa Biologii Strukturalnej (ang.: Structural Biology Group) kierowana przez dr Marię Górną
3. Grupa Krystalograficzna (ang.: Crystallographic Group) kierowana przez prof. dr hab. Krzysztofa Woźniaka, który jednocześnie kieruje LBSBio

Szczegóły działalności w/w grup  znajdą Państwo na stronach tych grup.

W ramach LBSBio  wykonujemy komercyjne usługi krystalograficzne  z wykorzystaniem całej aparatury zgromadzonej w ramach LBSBio,  w tym doskonale wyposażonych  dyfraktometrów rentgenowskich służących do wyznaczania struktury kryształów oraz eksperymentalnych gęstości elektronowych, a także usługi biochemiczne takie jak, na przykład, krystalizacja makromolekuł oraz inne usługi, które zdefiniowane są w cenniku.

Link do strony grupy:  http://crystal.chem.uw.edu.pl/

Link do strony Core Facility for Crystallography and Biophysics: Core Facility for Crystallography and Biophysics (uw.edu.pl)

Link do strony laboratorium Cryomicroscopy and Electron Diffraction Core Facility: https://cent.uw.edu.pl/en/core-facilities/transmission-electron-microscopy-core-facility/

Działalność badawcza:

Grupa Krystalograficzna (GK) prof. dr hab. Krzysztofa Woźniaka działa na tych samych zasadach jak i pozostałe grupy badawcze, ale ze względów formalnych  umieszczona jest bezpośrednio pod szyldem LBSBio  i nie jest wyodrębniona podobnie jak pozostałe grupy, a tym samym będzie identyfikowana jako LBSBio  tam gdzie tylko się da z dopiskiem (GK), czyli LBSBio(GK).  GK Prof. Woźniaka  wykonuje  badania strukturalne oraz badania gęstości elektronowej  kryształów związków organicznych i nieorganicznych.  Badamy,  w szczególności, kryształy związków o znaczeniu (lub potencjalnym znaczeniu) farmaceutycznym, związki ważne z biologicznego lub biochemicznego punktu widzenia, związki chemii supramolekularnej (rotaksany, katenany, kompleksy makrocykliczne jonów metali d i f elektronowych, kryształy modelowych związków używanych do celów  rentgenowskich badań metodologicznych, minerały i związki nieorganiczne, etc). Celem większości naszych badań jest znalezienie związku między strukturą wewnętrzną kryształów, a właściwościami ilościowych rozkładów gęstości elektronowej w kryształach, oraz właściwościami makroskopowymi kryształów (fizycznymi, chemicznymi, farmaceutycznymi, biochemicznymi, etc), a także rozwój dyfrakcyjnych  metod rentgenowskich analizy ciała stałego oraz  wprowadzanie i testowanie nowych metodologii w badaniach dyfrakcyjnych nakierowanych na oszacowanie dokładności i precyzji tych metod. Część naszych badań poświęconych jest  badaniom procesów krystalizacji związków organicznych i nieorganicznych.

Kolejnym ważnym polem badawczym w grupie Prof. dr hab. Krzysztofa Woźniaka są badania makromolekularne, które koncentrują się na badaniach oddziaływań enzymów deubikwitynaz z różnymi inhibitorami celem identyfikacji najefektywniejszych inhibitorów, oraz celem określenia mechanizmu oddziaływania. Planowane są także badania wielu innych białek.

Aparatura badawcza:

• Roboty do pipetowania roztworów i krystalizacji: Mosquito LCP, Dragonfly
• System Formulatrix do automatycznego obrazowania i przechowywania płytek do krystalizacji białek o pojemności 1000 płytek ze skanerem
• Zestaw mikro- i makroinkubatorów na płytki do krystalizacji
• Dyfraktometry monokrystaliczne SuperNova Single oraz Double Source Rigaku Oxford Diffraction, wyposażone w różne źródła promieniowania rentgenowskiego  (Mo, Cu, Ag);
• Zestaw do analizy termicznej Stare Mettler Toledo (termograwimetr oraz skaningowy kalorymetr różnicowy czyli DSC i TGA);
• Spektrofotometry oraz czytnik płytek Infinite M200 PRO z rozbudowanymi modułami fluorescencji, luminescencji i automatyczną stacją pipetującą.
• Sprzęt do termoforezy w skali mikro (Monolith NT.115 Red firmy Nanotemper)
• FPLC oraz FPLC z refraktometrem, DLS i MALS
• Aparat PCR gradientowy i w czasie rzeczywistym (RT-PCR)
• Zestaw inkubatorów CO₂ do hodowli komórek ssaczych oraz wytrząsarek do hodowli bakteryjnych
• Zestaw wirówek do frakcjonowania komórek
• Sonikatory i homogenizatory
• Komory laminarne, autoklawy
• Aparaty do elektroforezy DNA, RNA i białek wraz z systemem do elektroforezy 2D z automatycznym wycinaniem prążków i stacją obrazującą ChemiDoc MP do detekcji UV-VIS, chemiluminescencji i fluorescencji.
• Dyfraktometry rentgenowskie ze źródłami Mo, Cu, i Ag wyposażone w przystawki temperaturowe
• Celki Diamentowe
• Mikroskopy stereoskopowe (Olympus SZ16 oraz Opta-Tech X-2000);
• Komora rękawicowa Jacomex [GP] Campus;

Oferta:

• Wyznaczanie struktury i eksperymentalnych gęstości elektronowych kryształów związków organicznych i nieorganicznych;
• Krystalizacja białek i ich kompleksów, badania siły i charakteru ich oddziaływań;
• Wyznaczanie struktury kryształów w wysokim ciśnieniu;
• Krystalizacja związków małocząsteczkowych oraz badania polimorfizmy i przejść fazowych w kryształach

Kierownik zespołu

Prof. dr hab. Krzysztof Woźniak jest Ekspertem w dziedzinie rentgenowskich badań strukturalnych i eksperymentalnych, rentgenowskich ilościowych badań gęstości elektronowej.

CV: tytuł doktora (1992), habilitacja (1998) – Wydział Chemii Uniwersytetu Warszawskiego; staż podoktorski (1993-1994) oraz pobyt sabatyczny (2014) Wydział Chemii Uniwersytetu w Cambridge (UK); kierownik Pracowni Krystalochemii (od 2008- ) oraz Laboratorium Badań Strukturalnych na Wydziale Chemii UW (od 2007- ), Laboratorium Badań Strukturalnych i Biochemicznych w Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych UW (od 2016-). Współprzewodniczący SIG2 Europejskiego Towarzystwa Krystalograficznego – ECA (wspólnie z Prof. S. Grabowsky’m z Bremy), Przewodniczący Rady Naukowej Instytutu Farmaceutycznego w Warszawie (od 09/2017 – ), profesor belwederski od 2002r., ok. 10 staży naukowych zagranicą i ponad 20 sesji pomiarowych na różnych synchrotronach i w ośrodkach neutronowych; ponad 30 grantów w tym MAESTRO FNP, MAESTRO NCN, Team Tech Core  Facility FNP; >60 zaproszonych wykładów (konferencyjnych i w różnych ośrodkach naukowych) na całym świecie; 16 wypromowanych doktorów, H=35, >4980 cytowań, >340 publikacji w recenzowanych czasopismach naukowych, zaproszony uczestnik 21-szej Konferencji Solveyowskiej (2007); od 2015r  Fellow Europejskiego Towarzystwa  ChemPubSocEurope (F CPSE).