O Grupie

Grupa stanowi część Laboratorium Badań Strukturalnych i Biochemicznych (LBSBio). Zajmuje się badaniem struktury i funkcji białek, głównie przy pomocy krystalografii i niskokątowego rozpraszania promieniowania rentgenowskiego (SAXS). Dodatkowo, analiza modeli doświadczalnych uzupełniana jest przez analizę bioinformatyczną, symulacje dynamiki białek oraz badania funkcji białek in vitro i w hodowli komórkowej. Interesujemy się rodzinami białek, które są stosunkowo mało poznane i mało podobne do białek o znanej strukturze, a zatem modele doświadczalne mogą w tym przypadku udzielić kluczowej odpowiedzi na pytania o aktywność enzymatyczną, funkcję i wygląd tych białek. Jednocześnie badania krystalograficzne tych rodzin mogą ujawnić zupełnie nowe motywy strukturalne, a zatem poszerzyć naszą wiedzę o repertuarze znanych domen białkowych.


Członkowie grupy

dr Maria Górna

Kierownik zespołu

Zespół

Dr Maria Górna
tel: 22 55 26 685, nr pok.3.114
mail:mgorna@chem.uw.edu.pl

Dr inż. Jan Kutner
tel: 22 55 26 642, nr pok. 3.101
mail:jkutner@chem.uw.edu.pl

Dr Matthew Merski
nr pok. 3.121
mail:merski@chem.uw.edu.pl

Dr inż. Joanna Boros-Majewska
nr.pok 3.129
mail:jboros@chem.uw.edu.pl

mgr inż. Aleksandra Jurska
nr pok. 3.101
mail:ajurska@chem.uw.edu.pl

dr inż. Monika Kowalska
tel: 22 55 26 642, nr pok. 3.101
mkowalska@chem.uw.edu.pl

Mgr Krzysztof Młynarczyk
nr pok.4.132; 3.121
mail:kmlynarczyk@chem.uw.edu.pl

Jakub Skrzeczkowski
nr pok. 3.121
mail:jakub.skrzeczkowski@student.uw.edu.pl

Mikołaj Kuska
tel: 22 55 26 642, nr pok. 3.101
mail:m.kuska@student.uw.edu.pl

Dr Maria Klimkowska
Dr Marcin Ziemniak
Mgr Natalia Karolak
Mgr Anna Laskowska
Matylda Izert

Działalność badawcza

Obecnie nasze badania skupiają się na ludzkich białkach wiążących RNA, w których występują nowe niekanoniczne domeny wiążące RNA. Szczególnym zainteresowaniem darzymy białka mitochondrialne, ponieważ mitochondria są głównym źródłem energii w komórce w postaci adenozyno-5’-trifosforanu (ATP), jak również związane są z wieloma ważnymi procesami biologicznymi i patologicznymi (apoptozą, stanami zapalnymi, procesami nowotworzenia czy neurodegeneracji). Powiązanie badanych białek z chorobami ludzkimi (chorobami mitochondrialnymi, lecz także stanami zapalnymi czy rakiem), czyni z nich istotne medycznie obiekty badań oraz potencjalne cele działania terapii leczniczych. Uzyskane struktury mogą być zatem podstawą projektowania leków. Mitochondria są również bardzo ciekawym koncepcyjnie obiektem badań, gdyż są pozostałością po endosymbiozie organizmu prokariotycznego, którego wiele cech zostało w nich zachowanych. Wiele białek mitochondrialnych odzwierciedla zatem pośredni stopień ewolucji pomiędzy białkami prokariotycznymi a pozamitochondrialnymi homologami eukariotycznymi, co pozwala na wgląd w proces rozwoju ewolucyjnego tych rodzin białkowych. Dodatkowym tematem badań naszej grupy są przeciwwirusowe białka wrodzonego układu odpornościowego z rodziny IFIT. Białka te ulegają ekspresji w zakażonych wirusem komórkach, gdzie wiążą i unieszkodliwiają wirusowe RNA. Zajmujemy się badaniem specyficzności wiązania RNA przez białka IFIT oraz rolą kompleksów zawierających białka IFIT w zwalczaniu infekcji wirusowych, jak również zastosowaniem białek IFIT w diagnostyce medycznej.

Sprzęt na wyposażeniu Laboratorium Badań Biomakromolekularnych:

  • Roboty do pipetowania roztworów i krystalizacji: Mosquito LCP, Dragonfly
  • System Formulatrix do automatycznego obrazowania i przechowywania płytek do krystalizacji białek o pojemności 1000 płytek ze skanerem
  • Zestaw mikro- i makroinkubatorów na płytki do krystalizacji
  • Dyfraktometry rentgenowskie, również z anodą miedzianą
  • Spektrofotometry oraz czytnik płytek Infinite M200 PRO z rozbudowanymi modułami fluorescencji, luminescencji i automatyczną stacją pipetującą.
  • Sprzęt do termoforezy w skali mikro (Monolith NT.115 Red firmy Nanotemper)
  • FPLC oraz FPLC z refraktometrem, DLS i MALS
  • Aparat PCR gradientowy i w czasie rzeczywistym (RT-PCR)
  • Zestaw inkubatorów CO2 do hodowli komórek ssaczych, inkubator do hodowli komórek owadzich oraz wytrząsarki do hodowli bakteryjnych
  • Zestaw wirówek do frakcjonowania komórek
  • Sonikatory i homogenizatory
  • Komory laminarne, autoklawy
  • Aparaty do elektroforezy DNA, RNA i białek wraz z systemem do elektroforezy 2D z
  • automatycznym wycinaniem prążków i stacją obrazującą ChemiDoc MP do detekcji UV-VIS, chemiluminescencji i fluorescencji.

Oferujemy możliwość współpracy w uzyskiwaniu i interpretacji doświadczalnych modeli struktury białek.