O Grupie

Grupa jako jedyna w Polsce zajmuje się metodologią spektroskopii NMR w fazie ciekłej. Głównym tematem jej działalności badawczej są poszukiwania nowych i efektywnych metod nowoczesnej spektroskopii NMR, oraz ich zastosowanie w badaniach strukturalnych w chemii i biochemii. Do najważniejszych należą metody pozwalające na uniknięcie ograniczeń związanych z próbkowaniem i przetwarzaniem sygnałów, co jest jednym z najistotniejszych wyzwań współczesnej spektroskopii NMR.


Członkowie grupy

prof. dr hab. Wiktor Koźmiński

Kierownik zespołu

Zespół

prof. dr hab. Wiktor Koźmiński, e-mail: kozmin@chem.uw.edu.pl,
CNBCh UW, tel: 48 22 55 26519, nr. pok. 007
nmr.cent3.uw.edu.pl

dr Karolina Madrak,
dr Michał Nowakowski,
mgr Saurabh Saxena,
mgr Jan Stanek,
mgr Mateusz Urbańczyk,
dr Anna Zawadzka – Kazimierczuk,
mgr Szymon Żerko.

Działalność badawcza

Prace grupy w dziedzinie nowych metod pomiaru wielowymiarowych widm NMR skupiają się na: rejestracji widm o wysokiej wymiarowości, nowych metodach przypisywania sygnałów odpowiednim atomom w cząsteczkach biopolimerów, efektywnym wyznaczaniu więzów strukturalnych, zastosowaniu nowych metod w badaniach białek całkowicie lub częściowo nieustrukturyzowanych, opracowywaniu metody usuwania z widm artefaktów co pozwala na pełną analizę widm o
dużej zmienności amplitud sygnałów, zastosowaniem metody „Compress Sensing” do przetwarzania widm NMR.
W zakresie zainteresowań znajduje się także rozwój metod pomiaru współczynników dyfuzji oraz nowych technik spektroskopii NMR umożliwiających precyzyjne i dokładne pomiary skalarnych i resztkowych dipolowych sprzężeń spinowo-spinowych z widm 3-4D.

Aparatura badawcza wykorzystywana przez grupę

Spektrometr NMR 600 MHz DDR2 firmy Agilent

  • sonda „one-NMR”, dwa kanały 1H/19F oraz szerokopasmowy 15N-31P (+kanał 2H), gradienty z;
  • sonda HCN, trzy kanały 1H/13C/15N (+kanał 2H), gradienty xyz;
  • sonda „Penta”, cztery kanały 1H/13C/15N/31P (+kanał 2H), gradienty z;
  • automat zmieniający próbki na 12 pozycji.

Spektrometr NMR 800 MHz DDR2 firmy Agilent

  • dwa równoległe kanały odbiornika;
  • sonda HCN, trzy kanały 1H/13C/15N (+kanał 2H), gradienty z;
  • sonda kriogeniczna, trzy kanały 1H/13C/15N (+kanał 2H), gradienty z , wbudowane przedwzmacniacze 1H i 13C;
  • sonda „Bio-MAS” dla próbek proszkowych, trzy kanały, średnica rotora 3.2 mm, wirowanie pod katem magicznym do 25 kHz, cewka zapewniająca minimum strat dielektrycznych.
  • Usługi badawcze/ analizy/ekspertyzy, opinie etc. – jeśli grupa wykonuje lub ma możliwość wykonywania takich świadczeń prosimy o podanie zakresu, opisu (oraz ewentualnie cennika – jeśli jest taka możliwość);

Usługi badawcze

Zastosowanie 600 MHz : spektroskopia NMR białek i kwasów nukleinowych w roztworach, próbki organiczne o wysokiej złożoności

– rutynowe pomiary jedno i dwuwymiarowe COSY, TOCSY, NOESY, ROESY, HSQC, HMBC i inne dla małych i średnich cząsteczek organicznych

– pomiary współczynników dyfuzji i dyfuzyjno –rozdzielcze DOSY

– eksperymenty z wykorzystaniem oszczędnego próbkowania losowego w widmach 2D, dla uzyskania maksymalnej możliwej rozdzielczości w dziedzinie częstości

– rutynowe techniki pomiarowe 3D służące przypisaniom pików rezonansowych w białkach: np.: HNCO, HNCA HN(CO)CA, HNCACB. CBCA(CO)NH i inne

– rutynowe techniki 3D heterojadrowo-rozdzielcze efektu NOE

– rutynowe techniki 2D i 3D dla kwasów nukleinowych

– eksperymenty wykorzystujące oszczędne próbkowanie losowe w widmach 3-5D, służących przypisaniom pików oraz pomiarom więzów strukturalnych białek i kwasów nukleinowych

– badania białek częściowo lub całkowicie nieustrukturyzowanych

– inne eksperymenty dobrane do konkretnych problemów

Zastosowanie 800 MHz : spektroskopia NMR białek i kwasów nukleinowych w roztworach i fazie stałej

Zakres jak dla spektrometru 600 MHz  a także:

– przypadków gdzie wymagana jest wysoka czułość – zastosowanie sondy kriogenicznej, w tym dla próbek o wysokim stężeniu soli

– efektu TROSY

– detekcji równoległej (np. 1H i 13C)

– detekcji 13C w białek częściowo lub całkowicie nieustrukturyzowanych i/lub paramagnetycznych

– badań białek w fazie stałej.