O Grupie

Grupa zajmuje się badaniem białek szczególnie w środowisku błon komórkowych.
Badania dotyczą między innymi mechanizmu aktywacji receptorów GPCR (G-protein-coupled receptors) i działania przełączników molekularnych w tych receptorach. Modelowanie pozwala przewidywać działanie ligandów w celu późniejszego projektowania odpowiednio selektywnych leków.

Kolejnym zagadnieniem jest badanie struktur i dynamiki białek tworzących kompleks γ-sekretazy. Modele oddziaływań tych białek w kompleksie mogą pomóc w wyjaśnieniu roli mutacji powodujących chorobę Alzheimera, oraz pomagają wyjaśniać jakie zmiany strukturalne w miejscu wiążącym substrat wpływają na zmianę miejsca cięcia i wytwarzanie toksycznej formy β-amyloidu (Aβ42).


Członkowie grupy

prof. dr hab. Sławomir Filipek

Kierownik zespołu

Zespół

prof. dr hab. Sławomir Filipek,
Wydział Chemii oraz Centrum Nauk Biologiczno-Chemicznych
Uniwersytetu Warszawskiego, e-mail: sfilipek@chem.uw.edu.pl
tel: +48-22-5526545; +48-22-5526405, p. 2.36

dr Dorota Latek,
dr Anna Modzelewska,
dr Przemysław Miszta,
mgr Aleksander Dębiński,
mgr Krzysztof Młynarczyk,
mgr Wojciech Puławski,
mgr Paweł Pasznik,
mgr Jakub Jakowiecki,
tel. dla wszystkich: +48-22-5526545; p. 2.36

Działalność badawcza

Grupa badawcza zajmuje się również projektowaniem leków skierowanych przeciwko różnym celom molekularnym oraz oddziaływaniem białek z grafenem, nanorurkami węglowymi i innymi materiałami elektrodowymi do zastosowania w bioczujnikach.

Badanie poprzez modelowanie komputerowe:

  • mechanizmów działania białek,
  • oddziaływania białek z ligandami (cząstkami chemicznymi lub ligandami peptydowymi),
  • tworzenia kompleksów białko-białko,
  • wpływu lipidów na białka w błonie komórkowej.

Obliczenia wykonywane są głównie na silnych stacjach roboczych CPU/GPU.
Specyfikacja: procesory 2x Intel Xeon kilku- lub kilkunasto-rdzeniowe, oraz karty GPU 2x NVIDIA GeForce lub Tesla zawierające specjalizowane rdzenie obliczeniowe typu CUDA. Stacje te są wyposażone w monitory z funkcją 3D do pracy z okularami polaryzacyjnymi 3D.

Oprogramowanie naukowe: programy do symulacji dynamiki molekularnej: NAMD, GROMACS, CHARMM, YASARA. Programy do przygotowania danych, analizy wyników i wizualizacji: platforma programowa Schrödinger, VMD, PyMol i inne. Dokowanie leków do białek, virtual screening: LigandScout, platforma Schrödinger. Obliczenia wykonujemy również w centrach superkomputerowych.

Usługi badawcze

  • Wykonujemy symulacje dynamiki molekularnej pełnoatomowej all-atom oraz uproszczonej coarse-grain i implicit-solvent dla pojedynczych białek i ich kompleksów.
  • Stosujemy metody dokowania cząstek chemicznych do białek, virtual screening, projektowanie leków. Zakres badań i cena do negocjacji.