O Grupie

Dr hab. Dominik Gront – kierownik Grupy Badawczej Modelowanie Biomakromolekuł – jest współautorem ponad 40 prac cytowanych sumarycznie 560 razy (H factor 14).
Odbył staże podoktorskie na University of Virginia, Charlottesville oraz University of Washington, Seattle.
Jest jednym z Principal Investigator w Rosetta Commons – organizacji rozwijającej oprogramowanie
Rosetta do modelowania oraz projektowania białek. W roku 2016 Dominik Gront otrzymał stopień
doktora habilitowanego Nagrody i wyróżnienia:
2008/11 r.– Stypendium Marie Curie
2012 r.– Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa
Wyższego dla Wybitnych Młodych Naukowców
2017 r. – nagroda indywidualna II stopnia Rektora Uniwersytetu Warszawskiego za osiągnięcia dydaktyczne


Członkowie grupy

dr hab. Dominik Gront

Kierownik zespołu

E-mail: d.gront@chem.uw.edu.pl

Działalność badawcza

Grupa zajmuje się rozwijaniem nowatorskich metod badania struktury i dynamiki biomakromolekuł.
Stosujemy zarówno metody modelowania molekularnego jak i podejścia bioinformatyczne.
Główne zadania badawcze dotyczą tworzenia wieloskalowego protokołu do modelowania
białek i ich kompleksów. Na protokół taki składają się dwa – trzy modele zdefiniowane na różnych
poziomach rozdzielczości, połączonych w spójną całość. W naszych pracach rozwijamy zarówno
modele gruboziarniste, w których grupa atomów (np reszta aminokwasowa) zastąpiona jest jednym
centrum oddziaływań (np. model SURPASS) jak i dokładne modele pełnoatomowe. Wśród
tych ostatnich znajdują się opracowywane przez nas algorytmy wykorzystujące do obliczeń karty
graficzne (GPU). Rozwój metod modelowania to przede wszystkim wyprowadzanie nowych
potencjałów średniej siły (statystycznych) a także opracowywanie nowych algorytmów prowadzenia
symulacji. Opracowujemy również nowe metody bioinformatyczne, przede wszystkim przewlekanie
trójwymiarowe białek, służące do jak najdokładniejszego uliniowienia sekwencji białka ze
strukturą. Rozwijamy oprogramowanie służące do analizy sekwencji oraz struktur białek i kwasów
nukleinowych. Wykorzystujemy też metody modelowania w oparciu o szablon (modelowanie
porównawcze). Opracowane metody teoretyczne implementujemy w pakietach oprogramowania: BioShell oraz
Rosetta, które są nieodpłatnie udostępnione szerokiej społeczności akademickiej.

 

OFERTA:

  • Modelowanie porównawcze struktur białek;
  • Racjonalne projektowanie nowych struktur białek
  • Mutacje in-silico, zwiększanie stabilności białek, zmiana aktywności enzymatycznej;
  • Analiza sekwencji i struktur biomakromolekuł;
  • Dokowanie loigandów (leków, substratów, itp.) do receptorów białkowych;
  • Rozwój oprogramowania do modelowania biomakromolekuł.